Les projets de restauration et de préservation des zones humides à l’échelle des territoires manquent souvent d’intégration dans des politiques transversales telles que l’aménagement du territoire, l’agriculture, la stratégie foncière, … Par ailleurs, les zones humides restent perçues comme des espaces de contraintes et les besoins de mesures compensatoires peuvent entrer en compétition avec les projets de restauration souhaités par l’Agence et le PDM.
Les SDAGE préconisent de mettre en œuvre des plans de gestion stratégique des zones humides sur les territoires pertinents, de manière à permettre aux élus de se doter d’une vision globale de l’ensemble de leurs zones humides en leur affectant des objectifs adaptés aux services rendus qu’ils en attendent. 
Ces plans de gestion stratégiques définissent les objectifs de non-dégradation et de restauration des zones humides et de leurs fonctions et planifient la politique de gestion des zones humides pour l’ensemble de leur périmètre (gouvernance, maîtrise d’ouvrage, plan d’actions, priorités, échéances, coûts).
L’établissement d’une stratégie territoriale est d’autant plus nécessaire dans le nouveau contexte GEMAPI qui a redéfini les compétences en termes de gestion des zones humides.